Это может произойти двумя способами:
Кто-то индивидуально взял старые копии ваших файлов конфигурации, возможно, используя такой инструмент, как etckeeper или просто указав git на ваши файлы конфигурации, и необъяснимым образом заменил новые копии старыми. Если это звучит нелепо, то потому, что это так.
Поскольку вы используете виртуальный сервер из Digital Ocean, наиболее вероятно, что ваш сервер был восстановлен до предыдущего снимка состояния до того, как были внесены ваши изменения. Если вы не сделали этого сами, возможно, на вашем хосте произошла ошибка, из-за которой ваша виртуальная машина восстановилась до предыдущего снимка. Вам нужно обсудить это с ними.