OSAlt имеет достойный список альтернатив с открытым исходным кодом Visio
Похоже на ошибку mysql из-за нехватки ОЗУ. Может какое-то приложение, запущенное cron, потребляет всю память? Это может объяснить, почему сбои возникают одновременно и почему mysql может запускаться на некоторое время.
Похоже, проблема с памятью. Либо добавьте больше ОЗУ, либо уменьшите размер пула буферов innodb.
В my.cnf что-то вроде этого:
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 64M