Указание на основной домен к другому серверу при хранении субдоменов в том же месте

Вы можете создать следующие записи DNS:

www.mysite.com  CNAME  youruser.github.io
old.mysite.com  A      ip.address.of.your.server

Учитывая, что у вас не может быть CNAME на голом домене (mysite.com), вы должны указать его на свой сервер и сделать его перенаправить на www.mysite.com на уровне http. GitHub также может позаботиться о перенаправлении за вас, но я бы этого не делал, так как вам нужно будет самостоятельно обновлять A-запись (записи ALIAS встречаются редко). См. документацию GitHub