Хотя может быть интересно вникнуть в то, почему именно эта комбинация зависает в вашей конкретной ситуации, это довольно необычная ситуация (многолетняя ОС, клонированная на другой компьютер, а затем обновленный дистрибутив), и это может даже не быть история, вот в чем проблема.
Более прагматичный подход заключался бы в установке 12.04 с нуля и переустановке всего остального, что вам нужно, чтобы исключить длинную и яркую историю вашей ОС как причину проблемы.
Вот где система управления конфигурацией, такая как Puppet, CFEngine или SaltStack, или любая из дюжины других зарабатывает себе на жизнь.