Действительно ли возможно настроить сервер Linux для использования больше чем одной цели LDAP?

Можно просто использовать оболочки tcp и позволить "центральному" Серверу иметь доступ SSH ко всем другим Серверам путем добавления его IP к /etc/hosts.allow.

It не, что идеал с точки зрения безопасности, имея одно поле, которое в состоянии входить в систему в где угодно, но если Вы считаете это хостом "оплота" и защищаете его правильно, это не конец света.