Как может я пароль защищать каталог с nginx, но не файлы в рамках каталога?

Я считаю, что это может быть достигнуто с помощью двух блоков местоположения, один для самой папки с включенным автоиндексом, а второй для файлов внутри. Скорее всего, это должно быть regex locationS.

Непроверенный пример:

#location for the root folder listing with or without trailing slash
location ~ ^/(mcscreens|mcscreens/)$  {
  auth_basic            "Restricted";
  auth_basic_user_file  htpasswd;
  autoindex on;
}

#allow retrieval of any individual image via URL without auth
location ~ ^/mcscreens/* {
  autoindex off;
}