Я знаю, что этот поток стар. Я просто добавляю сообщение для кого-либо еще, который имеет эту проблему и находит этот поток при поиске ответа.
У нас была та же ошибка после перезагрузки сервера RHEL5. В нашем случае были изменены UID mysql пользователя и основная группа, таким образом, база данных не имела доступа ни к каким файлам в/var/lib/mysql.