Официальный AMI Linux Amazon не содержит репозитории, которые используются для phpmyadmin вообще, таким образом, необходимо будет установить его вручную. Проверьте это сообщение Caleb Ogden о выполнении просто этого.
Управление пропускной способностью HTB в tc формирует только исходящий трафик, поэтому для ограничения пропускной способности между сервером и клиентским TCP-соединением необходимо формирование применяется к обоим интерфейсам моста. (Спасибо 0x534B41)