Направляющие 4 приложения + nginx1.4.4 + passenger4.0.37 на бездисплейном сервере Ubuntu12.x, работающем на VM на моей локальной машине

Если Вы находитесь в ситуации, где необходимо закончить тем, что повторно инициализировали, и Вы не можете потерять данные по подписчику, то Вы оказываетесь перед необходимостью, вероятно, генерировать/писать сценарий не синхронизировавшие изменения с помощью tablediff. Это походит на случай, если подписчик ищет снимок репликации. После того, как данные исправлены, можно сдуть и воссоздать subsciption.