Отвечать на Ваш вопрос об альтернативах: можно получить серьезное выравнивание нагрузки уровня 7 через HAProxy.
До устранения проблем привязки LVS я немного сух на твердых идеях. Это могло быть столь же просто как тайм-аут или переполнение. Некоторые мобильные клиенты переключат IP-адреса, в то время как они подключены к сети; возможно, это может быть источником Вашего горя? Я предположил бы, по крайней мере, что Вы распространяете гранулярность привязки, по крайней мере, к классу C.
Как оказалось, кто-то еще в нашем лесу AD (крупнейшее развертывание AD в мир) уже использовал MCS. Мне пришлось начать с нового кода сайта, но сейчас все работает как надо.