Первое предположение - то, что Ваш синтаксис немного выключен.
Я лично никогда не использовал аргумент "среды" прежде, но от необходимости записать пользовательские authorized_keys записи прежде, я полагаю, что дополнительные аргументы в начале authorized_keys записи требуют запятых между каждым аргументом, не пробелов.
Попытка:
command="path/to/script",environment="LEVEL=1" ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEArestofkeyhere comment_stuff
Надеюсь, это поможет.
Вы можете значительно повысить производительность, избавившись от Apache. Обработайте PHP с помощью PHP-FPM и поместите восходящие потоки из nginx непосредственно в PHP FPM. Вам следует попробовать PHP 5.5 с включенным кешированием опкодов, а также использовать некоторые плагины кеширования для WP, такие как WP Super Cache.