Убедитесь, что каталог данных не содержит предыдущих данных. Это заставит awstat игнорировать то, что он считает старыми записями в файле журнала. Также убедитесь, что слияние было выполнено с гордостью, и что у вас нет журналов со второго сервера в верхней части файла (не знаю, как с этим справится awstat). Вообще говоря, если вы запустите awstat.pl вместо его более ранней версии, вы можете получить более полезный вывод, например, причины, по которым какая-то запись была удалена.