Рассмотрите установку Виртуальной частной сети (VPN), например, OpenVPN для безопасного, зашифрованного канала между машинами. Определенная конфигурация будет зависеть от Ваших собственных требований.
Хорошая начальная точка: http://openvpn.net/index.php/open-source/documentation/howto.html#samba
REMOTE_USER на самом деле не является переменной среды внутри Apache, но вместо этого устанавливается Apache при запуске таких вещей, как CGI или обработчики PHP.
Фактическое значение встроено в структуру внутри Apache. См. документацию Apache по переменным окружения
Возможно, вам нужно быть ENV: в качестве префикса.
<Directory />
AuthType basic
AuthUserFile $my_file
require valid-user
RewriteEngine on
RewriteCond %{ENV:REMOTE_USER} (.+)
RequestHeader set X-Forwarded-User %{ENV:REMOTE_USER}e
</Directory>