Hudson Get Current Working Directory (MSBuild)

Ваших файлов не стало. Необходимо связаться с поддержкой хостинговой компании VPS, Вы используете и заставляете их помогать переустановить Ваш VPS. Существует очень небольшой шанс, у них может быть резервное копирование Ваших файлов, но это кажется маловероятным.

Теперь Вы научились на горьком опыте, необходимо исследовать некоторые решения для резервного копирования. Самое легкое должно просто использовать клиент FTP как filezilla для копирования файлов в локальную систему.