Для блокирования соединений Bittorrent или Фырканье во встроенном режиме IPS или модуль Netfilter IPPP2P могут использоваться.
Я отвечу на ваш первый вопрос:
Как мне теперь действовать, чтобы обеспечить безопасность сервера?
Даже не пытайтесь очистить его, если можете. Просто переустановите ОС и на этот раз настройте правила брандмауэра, которые блокируют доступ к диспетчеру Tomcat, кроме как с вашего текущего IP-адреса. Еще лучше просто заблокировать все, кроме SSH и туннелировать на сервер, а затем получить доступ к Tomcat Manager через туннель.
Я думаю, вам также следует прочитать документацию для Tomcat Manager Setup .
В конечном итоге мы решили проблему в нашей среде, удалив интегрированную безопасность и указав идентификатор пользователя и пароль в строке подключения. Так и не нашел первопричины.