Как поставить частные ssh ключи для virtualbox, которым управляет бродяга?

Закрытый ключ по умолчанию поставляется с Vagrant, так что дополнительных шагов тоже нет. Просто используйте соответствующий открытый ключ в виртуальной машине. Добавление и доставка настраиваемого ключа может иметь смысл только тогда, когда вы контролируете распространение ящика и не хотите, чтобы кто-либо еще мог войти в запущенные экземпляры. Даже в этом случае я бы, вероятно, вместо этого установил и сконфигурировал новый ключ на этапе подготовки.

Сказав это, файл коробки Vagrant представляет собой zip или (опционально gzip) tar-архив. Вы можете включить туда закрытый ключ, например, в каталог верхнего уровня, и добавить открытый ключ к authorized_keys пользователя vagrant ssh в самой виртуальной машине.

Затем, чтобы настроить Vagrant на использование ключа, вы включаете Vagrantfile в поле с содержание вида:

Vagrant.configure("2") do |config|
  config.ssh.private_key_path = File.expand_path("../my_secret_key", __FILE__)
end