Вы используете Apache ITK MPM? Версия 2.2.17 исправляет ошибку, которая может вызвать 403 ошибки (см. журнал изменений).
Я испытывал ту же проблему при использовании директивы AssignUserId. Это ушло, когда я дал файлам и папкам полномочия world-readable/executable.
Это просто серверы, сканирующие вашу систему на наличие уязвимого сценария. Это происходит постоянно с любым общедоступным сервером. Своевременно обновляйте сторонние скрипты.