... полномочия файла/папки становятся сохраненными?
Да, конечно. Это - копия блочного уровня. Метаданные, как полномочия, являются блоками точно так же, как файлы.
У каждой политики должна быть собственная опция ведения журнала. Я думаю, что единственный способ - изменить каждую политику, разрешающую ведение журнала.