Там путь состоит в том, чтобы сказать, что менеджер IIS7 изменяет обработчики в applicationHost.config?

Менеджер по IIS целеустремленно устанавливает установку на самом низком уровне, который позволяется. Так как Вам разрешают иметь тот набор в web.config сайта, он будет всегда применять его там.

Сам менеджер по IIS не дает Вам выбор, где установить его. Причина состоит в том, что это быстро стало бы сбивающим с толку и грязным для среднего администратора, так как установка в applicationHost.config будет проигнорирована, если это будет также установлено в web.config. Таким образом, самый чистый способ гарантировать, что нет беспорядка, состоит в том, чтобы применить его на самом низком позволенном уровне.

Решение (помимо appcmd или редактирующий applicationHost.config непосредственно) состоит в том, чтобы использовать Редактор конфигураций от Администраторского пакета IIS (это установлено по умолчанию с IIS 7.5 на WS08 R2). Это действительно позволяет Вам выбирать, где Вы хотите, чтобы настройки были применены.

На самом деле, чтобы быть завершенным, хотя обычно не стоящая опция для обработчиков, можно выключить делегацию к обработчикам для того сайта или серверу. Затем менеджер по IIS установит его в applicationHost.config.