Пока Вы не добавите больше RAM или больше серверов, попробуйте:
Удаление всех ненужных апачских модулей для спуска памяти для каждого процесса httpd
Ваш ServerLimit 450 очень высок для Вашего поршня, большего количества запросов, большего свопинга.
Установите нижние значения для всех буферов MySQL (возможно, позволяют им как значениям по умолчанию?)
Также проверьте на макс. используемые соединения mysql (покажите глобальное состояние;)..., потому что я не соглашаюсь смочь достигнуть Ваших 400 пределов с Вашим поршнем и значениями, как Вы видите в вершине, у Вас есть процент ввода-вывода в "wa" (ожидание). Если Ваш сервер не достигает... говорят, что 15 соединений, Вы не должны резервировать память для 450.
Кроме того, можно попытаться переключиться в те же аппаратные средства к less-memory-waster httpd, как lighttpd или nginx, и использовать mysqltuner, который предупредит Вас о Вашем оптимистическом (для Вашего поршня) настройки.