В Основанных на Unix системах Растяжка является хорошим генералом, "что изменилось на этой машине сегодня?" решение. Существуют другие, более определенные детекторы руткита там, но я всегда думал, что это был вопрос того, чтобы играть в догонялки с плохими парнями; Вы никогда не будете уверены, что Ваш детектор руткита достаточно актуален для ловли всех их.
У меня был хороший опыт до сих пор с reliablesite.net (http://www.reliablesite.net/v3/index.asp). Их поддержка является мгновенной, и так как Вы говорите бизнес здесь, Вы могли использовать один из их полу специализированных счетов довольно дешевый и иметь более надежную систему.