FTP поместил несколько каталогов без перезаписи?

Можно только перезапустить загрузку с ftp не загрузка (насколько я знаю), собственная команда была бы, "повторно добираются", и удаленный сервер должен поддерживать его.

Это сказанное, если Вы уже сделали частичную передачу с sftp и хотите продолжить Вас, может хотеть посмотреть на rsync или rsync по ssh для завершения передачи. Т.е. rsync-avz.-e "ssh" user@host:/targetdir/

Большая часть замедления, которое Вы испытываете с scp, связана с шифрованием и последовательной природой соединения.