Наиболее вероятно, что Синаптическое запущенное требование (по умолчанию), чтобы репозитории были подписаны.
Ищите опцию как этот и удостоверьтесь apt-get update
чистые выполнения.
Версия в Debian Тестирование (0.62.9), кажется, не имеет эту проблему.