выполнение exe делает систему безразличной
Крон может запустить много скриптов одновременно. На самом деле в Debian существуют все каталоги сценариев крона (т.е./etc/cron.daily/etc/cron.hourly), которые выполняются одновременно.
Если сценарий выполняется правильно в другое время, почему Вы не пытаетесь изменить время корневого задания крона, чтобы определить, является ли проблема с фактической синхронизацией или конфликтом между сценариями.
Я также соглашаюсь с выключением перенаправления к/dev/null, пока у Вас нет всего работающего правильно.
На самом деле выполнение вирусного сканирования решило проблему.
Я рекомендую загрузить и выполнить свободный инструмент Process Monitor http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645.aspx. Выполненный Монитор Процесса и добавляет имя Вашего исполняемого файла (например, myprogram.exe) как "фильтр" Имени Процесса.
Затем запустите свою программу, и Монитор Процесса покажет всей файловой системе ввод-вывод и действие реестра для него. Посмотрите на вывод Монитора Процесса в то время свои сбои программы - Вы можете видеть некоторые отказы, которые дают Вам подсказку относительно проблемы.