Только для добавления необходимо установить синхронизацию внешнего времени только на эмуляторе PDC, все другие системы в домене затем синхронизируют к нему.
Это немного играет с реестром для использования внутреннего клиента NTP (GUI, не включенный), но это работает просто великолепно.
Это - очень общая апачская ошибка, см. http://httpd.apache.org/docs/1.3/misc/FAQ-F.html#premature-script-headers
По всей вероятности, если Ваш fcgi выполняется, как Вы говорите, затем он умирает резко на неперехваченном исключении некоторого вида и вывода это не сгенерированный правильно.
Я следовал бы рекомендациям из той ссылки, конкретно пытаясь генерировать вывод (сокращающий апача из уравнения).