Проверьте этот вопрос: Лучший метод (методы) для резервного копирования VMs, работающего на HyperV?
Кажется тем, что происходило, был вызван поврежденным пулом приложений.
После того как я создал новый пул приложений и переместил сайт в тот, и удалите предыдущее, все работало, как мы ожидали.