Как установить PECL при использовании PHP5.6 с http://ppa.launchpad.net/ondrej/php/ubuntu

У меня был та же проблема. Установка пакета php5.6-dev и настройка двоичных файлов php по умолчанию, как описано в https://github.com/oerdnj/deb.sury.org/wiki/PECL-Installation , сделали это за меня:

apt-get install php5.6-dev
update-alternatives --set php /usr/bin/php5.6
update-alternatives --set php-config /usr/bin/php-config5.6
update-alternatives --set phpize /usr/bin/phpize5.6

Тогда все будет работать, как ожидалось:

pecl channel-update pecl.php.net
Updating channel "pecl.php.net"
Update of Channel "pecl.php.net" succeeded