То, почему в Windows 2008R2 hkey_users sub ключи разве соответствуют профилям пользователей, не рассчитывает?
Я пытаюсь установить установку прокси по умолчанию для всех пользователей (включая пользователей удаленного рабочего стола) с помощью реестра (под HKEY_USERS\<USER_SID>\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\)
На классическом сервере или рабочей станции каждый пользователь имеют профиль и соответствующий ключ реестра под HKEY_USERS. Но в окнах 2008R2 я заметил, что у пользователей, которые входят в систему с помощью только удаленный рабочий стол, нет подраздела под HKEY_USERS:
смотрите на рев изображения: 31 профиль, найденный под %systemdrive %\users, но только несколько ключей, найден в HKU 
Так интересно, где хранилище настроек Internet Explorer здесь?
Если вы используете обязательный профиль на этом сервере, можно объяснить разницу между HKEY_USERS и номерами профилей на диске.
Что такое обязательный профиль? это цитата из msdn
Обязательный профиль пользователя - это особый тип предварительно настроенного перемещаемого профиля пользователя, который администраторы могут использовать для определения настроек для пользователей. С помощью обязательных профилей пользователей пользователь может изменять свой рабочий стол, но изменения не сохраняются при выходе пользователя из системы. При следующем входе пользователя в систему будет загружен обязательный профиль пользователя, созданный администратором. Существует два типа обязательных профилей: нормальные обязательные профили и сверхобязательные профили.
См. Простую ссылку , объясняющую, как выполняются обязательные;