Что происходит с разделом GPT после переустановки ОС

Нет, если вы не прикоснетесь к другим дискам во время установки, и не произойдет ни RAID, ни зеркалирование, модификация диска C: не повредит другим вашим дискам.

Вы должны сделать резервную копию перед переустановкой операционной системы, просто потому, что что что-то всегда может пойти не так. Или, по крайней мере, отключите эти диски от компьютера перед установкой ОС, чтобы случайно их не стереть.