У Вас есть проблема с htaccess файлом где-нибудь.
Если вся Ваша конфигурация внутри/etc/apache2, Вам даже не нужна htaccess поддержка файла, включил и может получить маленькое ускорение путем отключения его.
Вы могли также использовать что-то как mod_vhost_alias для упрощения конфигурации.