Если мы говорим корпоративная система, время является деньгами. Я обычно находил, что рабочие инструменты очистки занимают больше времени, чем это было бы, чтобы повторно отобразить систему. Кроме того, Вы никогда не можете вполне быть уверены, избавились ли Вы от всего, которое не хорошо в корпоративной среде. С точки зрения безопасности, сдувая систему и переустанавливая его действительно единственный хороший вариант.
После этих слов и к Вашему вопросу, я видел, что инструменты Symantec имеют проблему с Spybot (об этом хорошо сообщили), и я считаю это, очевидно, проблемой. Я видел, что люди выполняют сканирования, не понимая результаты и делая вещи, вредные для системы (как внесение изменений в реестр, который не должен быть сделан), но обычно чаще всего рекомендуемые инструменты были надежны для меня (Spybot S&D, Lavasoft AdAware, и т.д.). Я держусь подальше от других без доказанной репутации, потому что существует много страшных историй там.
Я иду с опечаткой в ServerName vhost, или иначе ServerName машины указывает на www.site1.com, и это переопределяет определение vhost.
Я знаю, что это мог бы быть последний ответ.. но возможно необходимо проверить, есть ли у Вас Настроенная Директива NameVirtualHost.. если у Вас будет слишком много Виртуальных Хостов с ним набор, то Apache переопределит любому последнего в списке.. или дайте Вам ошибку и не запустите сервис вообще..