Попытайтесь использовать
dig +trace domain.com
От Вашего (Linux) командная строка на обеих машинах. Это покажет, где каждая машина получает данные, поскольку это запрашивает корневые серверы и каждый делегированный подсервер, пока это не находит (или не находит), эти домены.
Это могло быть что-либо с неправильного SOA на сервер DNS, блокирующий Ваши запросы на тот домен.
Можно иногда сталкиваться с поисковыми списками. Для устранения этого как потенциальной проблемы завершите поиск с a "."; т.е. nslookup www.example.com.
Кроме того, двойная проверка, чтобы Вы использовали те же серверы имен на каждом использовании поля ipconfig /all
на поле окон или cat /etc/resolv.conf
на поле Linux.
Так как это, кажется, вопрос об окнах, о чем сообщает "ipconfig"? Это перечисляет серверы DNS, которые Вы ожидаете видеть? Клиент и сервер отличается?