После большого захвата я нашел его: были записи в crontab корня в течение времени события "@reboot"-
# start mysqld on reboot @reboot /etc/init.d/mysqld start
Обновить: crontab-e # (как корень)
afaik, если Вы не используете коммерческий сертификат или устанавливаете Ваш собственный внутренний CA, необходимо будет вручную установить сертификат в хранилище сертификата на каждом клиенте.