Единственные файловые системы, которые читаемы на главном OSs и их вариантах, являются ISO9660 и FAT к моему знанию. С жестким диском на 1,5 ТБ у Вас будет проблема, я думаю. Я помню, что некоторые граничат с размером раздела FAT, и это было определенно ниже 1500 ГБ
Я использовал бы некоторое сетевое хранилище данных для выполнения то, что Вы хотите. Дешевые диски с функциональностью сети доступны в Вашем локальном ритейлере.
Active Directory не выбирает который файлы синхронизировать. В обоих случаях логика находится на стороне настольного компьютера, с помощью данных метки времени файла (и по крайней мере в случае Windows некоторые метаданные) для определения, какой файл является более новым.
Некоторые данные по синхронизации Windows: http://windows.microsoft.com/en-us/windows-vista/Understanding-offline-files#section_2