Используя ignore.conf с logwatch

В меру моего понимания запланированные задания не должны быть пропущены или выполнены дважды.

Крон использует список событий, поскольку он планирует, поэтому если время перескочит, то крон будет просто видеть, что задание не работало вовремя и выполняло его во время, он - следующий цикл следа. Если время переходит назад, задание будет удалено из списка событий, и крон не будет рассматривать его как бывший должный быть выполненным снова.

Как упомянутый Tjofras, ntpd будет постепенно корректировать Ваши часы с помощью дрейфа, а не трудного перехода однако, таким образом, Вы обычно не должны видеть переходы времени, если Вы вручную не изменяетесь, система синхронизируют себя.