при выполнении долгого задания крона - я должен повредить его в меньшие процессы?

Процесс занимает несколько часов.

Вероятно, вы хотите убедиться, что max_execution_time не определено в php.ini или установлено достаточно высоко, и вы можете захотеть выполнить скрипт напрямую, а не по HTTP-запросу к веб-серверу.

Будет ли это блокировать мой сервер (еще не развернул его)?

Возможно, но это полностью зависит от того, что скрипт намеревается сделать (и на самом деле делает). Длинные скрипты/программы, как правило, не являются проблемой.

Лучше всего запускать это маленькими партиями?

Это зависит, например, что происходит, когда партия не завершается, безопасно ли запускать снова, будет ли она поднимать то, где она была оставлена, есть ли последующие партии имеют зависимости от более ранних партий, может ли несколько партий работать параллельно (и полезно ли это сделать), чтобы назвать несколько проблем