Вы попытались смотреть на опции Переработки для пула приложений? Можно переработать его на основе многих различных opitons.
Это раньше было проблемой с IIS 6, но нет никакого риска времени простоя с IIs 7. Просто генерируйте новый CSR, установите его, и когда Вы будете готовы переключиться на новый сертификат, изменить привязку сайта. IIS продолжит использовать старый сертификат, пока Вы не измените привязку.
Кроме того, чрезвычайно большой CSR сгенерирован от ошибки в IIs 7, возобновляют процесс. Вы просто захотите создать новый CSR вместо того, чтобы использовать опцию Renew.