Я нашел решение в этой ссылке на iis форумы
Можно поместить конфигурацию в теги местоположения в applicationhost.config, а не в web.config файле - путем выполнения чего-то вроде этого из командной строки:
Набор %windir %\system32\inetsrv\appcmd.exe конфигурирует "MySite1"-section:system.webServer/defaultDocument - +files. [оцените ='newdoc.aspx']-commitpath:apphost
Таким образом для примера, который я отправил выше, я выполнил эту команду для каждого из моих сайтов
Набор %windir %\system32\inetsrv\appcmd.exe конфигурирует "MySite1 - www.site1.com"-section:system.webServer/defaultDocument - +files. [значение ='Connect.asp? CompanyID=425']-commitpath:apphost
и
Набор %windir %\system32\inetsrv\appcmd.exe конфигурирует "MySite2 - www.site2.com"-section:system.webServer/defaultDocument - +files. [значение ='Connect.asp? CompanyID=426']-commitpath:apphost
Когда Вы перейдете к программе документа по умолчанию для этих 2 сайтов в программе управления IIS7, Вы будете видеть другой набор документов по умолчанию для этих 2 сайтов.