(сниффинг... осуществляет сниффинг), я чувствую запах... чего-то. Это, кажется, прибывает из направления Вашей фирмы IT. Запахи как... вздор.
Переключение подсетей обеспечивает, в лучшем случае figleaf защиты. Остальная часть Nevermind Вас не покрыта...
Дни трудно кодированных вирусов долго проходят, и Вы найдете, что вредоносный код достаточно "умен", чтобы посмотреть на подсеть зараженной машины и начать сканировать оттуда.
Если Вы делаете это через командную строку, Вы на самом деле запускаете другую исполняемую программу ("Java"), таким образом, Вы не можете иметь никакого контроля на нем.
То, в чем Вы нуждаетесь, является сервисом (в Windows) или демон (в Linux), который может получить запросы и обработать их; не зная внутренности того, что делает то JAVA-приложение, нет никакого решения, которое мы можем предоставить.
Это сильно зависит от того, что делает приложение.
Совершенно возможно иметь JAVA-приложение, работающее как услуга и запросы процесса, f.e. путем прислушивания к ним на сетевом сокете и возврата его вывода через тот же сокет.
Сервер JAVA-приложения (как Tomcat) обычно вовлекается в динамическое поколение веб-страниц, не "чистую" обработку данных.
Так или иначе JAVA-приложение должно быть перепроектировано для работы как этот; Вы не можете только взять что-то, что хочет быть названным для единственного выполнения через командную строку и использовать ее в качестве серверной службы без любой модификации.
Ну, нет никакого способа сделать командную строку, которую Вы имеете, идут немного более быстрые. Та команда загрузит jvm, выполнит код, затем разгрузит все. Это, что это делает.
Я, вероятно, попытался бы настроить сервис SOAP или что-то. Или у Вас могло быть приложение Java, связывают сокет и подключение с php тот путь.
Сколько контроля Вы имеете над программой Java? Застревают Вы с ним как есть?