Используйте программный RewriteMap:
RewriteMap rewriter prog:/path/to/script
RewriteRule ^(.*) %{rewriter:$1} [L]
И затем в Вашем сценарии, примите любое участие пути запроса, который Вы хотите, выполняете итерации через свои каталоги и возвращаете, соответствующие переписывают строку.