Linux использует в своих интересах всю память, доступную ему.
Если будет память, которая конкретно не используется приложениями, то ОС будет использовать ее, чтобы cacheing ускорил другие процессы.
Бывший бесполезный, позволяя полезным ресурсам находиться там неиспользованные :)
Mysql (и любой другой SGBD) пытаются загрузить большинство данных, возможных в памяти, потому что это - некоторые намного более быстрые для получения данных из RAM, чем жесткий диск.
Это - нормальное поведение на Linux (вероятно, большая часть Unix и возможно окон?) системы ведут себя как это. Больше Вы имеете в памяти, более быстрой выполнения программного обеспечения.
Используйте "свободный-m" для получения более четкого изображения того, для чего используется память.