Я рекомендую это, и я лично создаю пулы отдельного приложения для большинства все.
Пулы отдельного приложения дают изоляцию в случае, если один сайт повреждает пул приложений, это не причиняет другим боль. Можно также защитить его с каждым в их собственном пуле приложений. Существует немного дополнительной RAM наверху для каждого пула приложений, где-нибудь приблизительно 50 МБ для последней версии платформы.NET. Также легче диагностировать, когда каждый находится в их собственном пуле приложений.
Просто удостоверьтесь, если, что при контроле сайтов, что Вы контролируете всех их, потому что, если Вы перестали работать, другие будут обычно продолжать работать, делая монитор только полезным для сайта, который он контролирует.