На основании этой статьи , если вы используете режим восстановления InnoDB по умолчанию, любое восстановление после сбоя, которое выполняется, выполняется в фоновом режиме после принятия соединений. На странице руководства MySQL это объясняется более подробно.
Я считаю, что на практике это означает, что если сервер принимает соединения, транзакции будут работать нормально.