Я думаю, что Вы, вероятно, пропускаете, то, что это совершенно допустимо для создания a .hg/hgrc файл в каждом репозитории и те файлы могут содержать allow_push и allow_read записи.
В IIS7 только необходимо предоставить им доступ к пути веб-сайта на диске, если им не нужны определенные полномочия к реестру или другому объекту, в этом случае он зависит от использования. Большую часть времени это - просто NTFS на диске все же.