«Драйвер Microsoft ODBC 13 для SQL Server» не работает с isql.Вы должны использовать sqlcmd. Подключение с помощью sqlcmd и Использование служебной программы sqlcmd намного лучше, чем справочная страница sqlcmd.
Для использования DSN:
#sqlcmd -D -S <DSN_Name> -U <User_Name>
sqlcmd -D -S MSSQL -U sa
DSN:
[MSSQL]
Driver=/opt/microsoft/msodbcsql/lib64/libmsodbcsql-13.0.so.0.0
Server=<Server_URI or IP>
Database=<Database_Name>