Я очень еще не вырыл в IIS7, но я знаю, что резервное копирование конфигурации сохраняется в "C:\inetpub\cfghistory\CFGHISTORY_xxxxxxxxxx". Можно взять applicationHost.cfg файл от папки CFGHISTORY до произошедшей проблемы и выводить его в папку "C:\Windows\System32\inetsrv\config" (возьмите резервное копирование или сделайте копию файла сначала), перезапустите сервер и посмотрите, восстанавливает ли это конфигурацию к, он - предпроблемное состояние. Вам, вероятно, придется остановить IIS прежде, чем заменить файл.