В IIS 7 можно использовать appcmd для контроля apppool. Например, Вы вводите команду как ниже в CMD:
appcmd перечисляют apppool/state:Started
Затем необходимо получить список apppools, которые работают.
Я предлагаю Вас, которые пишут сценарий с appcmd и помещают сценарий как задачу планировщика. Затем можно получить уведомления по электронной почте, когда некоторые apppools разрушаются.