Создайте новую запись веб-сайта для каждой новой комбинации домена/папки и свяжите ее с соответствующим пулом приложений в случае необходимости.
Я сказал бы, настраивает одну папку и имеют все Ваши домены как папки внутри, поскольку я думаю, что Вы уже имеете. Таким образом, Ваша структура папок будет похожа на это
E:\webRoot\www.domain1.com\ ... app files ...
E:\webRoot\www.domain2.com\ ... app files ...
Затем просто создайте новый веб-сайт и укажите на него на соответствующее доменное имя. И снова используйте заголовки хоста в своей Привязке для определения различных доменных имен. Нет никакой потребности создать веб-сайт, указал на webRoot папку, или даже имейте файл в ней, поскольку она только используется для корпуса различных папок доменного имени, которые являются приложением specfic.