Я настроил Outlook как POP3, через 30 дней электронные письма удаляются с сервера, этот параметр я включил в Outlook.
Пример этого параметра, который я сделал для пользователь " Басит.
Чтобы Outlook не загружал почту более одного раза с сервера по протоколу POP, нужно удалить почту с сервера, что вы и сделали.
Именно так протокол работает.
Решением было бы перейти на IMAP для этого пользователя, если его поддерживает почтовый сервер. Это будет синхронизировать почту между сервером и клиентом, а не просто копировать почту.