Как я устанавливаю принтер по умолчанию для RemoteApp?

В GPO это связано с OU, где сервер, запускающий удаленное приложение, расположен, переходят к Компьютерному Перенаправлению Configuration|Administrative Templates|Windows Components|Terminal Services|Terminal Server|Printer и включают установку "Do not set default client printer to be default printer in a session". Это будет мешать локальному принтеру по умолчанию стать принтером по умолчанию на удаленном сеансе.

Что касается сценария входа в систему, я не уверен, почему он не работал бы, потому что при доступе к RemoteApp, Вы на самом деле входите в систему и создаете сессию TS на сервере, но Вы только видите RemoteApp вместо рабочего стола. Я выполнил RemoteApps и не имел проблем со сценариями входа в систему.

Кроме того, поведение принтера, Ваше наблюдение является на самом деле нормальным поведением (в Вашем вопросе Вы казались удивленными, что это действовало этот путь).